Les catacombes contiennent aujourd'hui environ 8000 momies, disposées le long des murs.
Le cimetière du monastère des Capucins commençant à manquer de place, les moines entamèrent la construction d'une crypte sous ce dernier.
1599, Palerme. Silvestro de Gubbio, moine capucin meurt. Ses frères le momifient et le placent dans les catacombes sous l’église.
Cette pratique se perpétue jusqu’au frère Riccardo en 1871, mais elle ne se limite pas aux seuls moines. Beaucoup de gens de la ville demandent à être momifiés et cette pratique se répandit, devenue une marque de prestige social pour l'aristocratie sicilienne.
Dans leurs testaments, les intéressés demandaient à être conservés avec un certain type de vêtements, ou même à ce qu'on change leurs habits à intervalles réguliers.
Les prêtres portaient leurs vêtements sacerdotaux, tandis que d'autres voulaient s'habiller à la mode de leur époque.
Les proches parents rendaient souvent visite à leurs disparus, non seulement pour prier mais aussi pour maintenir les corps dans un aspect présentable.
Les catacombes furent entretenues pendant des siècles grâce aux dons des familles. Chaque nouveau corps était placé dans une niche temporaire, avant d'être déplacé dans son lieu de repos définitif. Tant que les dons se poursuivaient, le corps restait à sa place. Dans le cas contraire, le cadavre était entreposé sur une étagère en attendant l'arrivée de nouveaux fonds.
Le dernier moine inhumé fut le frère Riccardo en 1871, mais d'autres personnes extérieures au monastère continuèrent à y entrer. Les catacombes ont cessé officiellement de fonctionner en 1880, bien qu'elles restent accessibles aux touristes et que les derniers enterrements aient en réalité eu lieu dans les années 1920.
L'une des toutes dernières inhumées fut la petite Rosalia Lombardo, morte de pneumonie à l'âge de deux ans.
Ses restes sont placés dans un cercueil de verre, image de la Belle au bois dormant.
Son corps, embaumé par Salafia, semble toujours intact, il s'agit d'un travail absolument incroyable. A la différence des autres momies voisines qui sont présentées comme étant vide et sèche, la belle rosalia possède encore ses vrais cheveux noués à l'aide d'un joli nœud de soie jaune, ils tombent délicatement en boucle sur son front et lui confèrent un visage des plus doux et attendrissant. Les yeux de cette toute jeune enfant sont fermés et ses cils sont encore intacts.
Elle pourrait presque ressembler à une enfant endormie sur le siège arrière d'une voiture.
Les rayons X ont montré que le cadavre était incroyablement préservé, avec des organes en excellent état. Sans doute grâce à l'air très sec des catacombes, au formaldéhyde utilisé comme fluide d'embaumement et à un autre ingrédient, aujourd'hui très peu employé : pétrifié par du zinc, le corps ne présente que quelques signes de vieillissement, comme une couleur de peau plus foncée là où elle est exposée à l'air ou à la lumière.