San Bernardino alle Ossa est une église située à Milan en Italie.
Elle est surtout connue pour abriter une chapelle latérale décorée par un ossuaire de crânes et d'ossements humains.
Les origines remontent à 1145, quand un cimetière et un hôpital furent construits face à la basilique de Santo Stefano Maggiore.
Ensuite, en 1210 on construisit un bâtiment destiné à abriter les ossements provenant du cimetière, une chapelle y fut ajoutée au bâtiment en 1269.
La première restauration a été effectuée en 1679 par Giovanni Andrea Biffi, qui a modifié la façade et décoré les murs de l'ossuaire avec des tibias et des crânes humains.
L'église a été détruite en 1712. L'ossuaire a été remplacé par un nouvel édifice dessiné par Carlo Giuseppe Merlo avec un plan carré et de plus grande taille reflétant la popularité de l'ossuaire. La nouvelle église est reliée à l'ossuaire par un déambulatoire.
